La Reserva de la Biosfera de La Gomera alberga 4 áreas excepcionales para la protección de la flora amenazada de España entre las 30 más importantes de nuestro país.
La de mayor importancia es la denominada Garajonay, que incluye el conjunto del Parque Nacional y algunas ZERC colindantes como Teselinde-Cabecera de Vallehermoso, Laderas de Enchereda; Benchijigua; Barrancos del Cedro y Liria, entre otros.
Se recogen un total de 19 especies catalogadas con los principales niveles de amenaza, excepto 3 todas ellas endémicas. Las poblaciones de estas especies son muy limitadas, algunas con menos de 10 ejemplares silvestres, lo que las pone en peligro crítico de desaparición en el medio natural.
Algunas de las especies más amenazadas son el naranjo salvaje de Pajartitos ( Ilex perado subsp. Lopezlilloi), la siempreviva gigante de La Gomera (Limonium dendroides), el oro de risco (anagyris latifolia) o la esparraguera de monteverde (Asparagus fallax), entre otras
La segunda en importancia es el área denominada Las Hayas, Arure y Epina, con una decena de especies en peligro como Carex perraudieriana, Arum italicum subsp. canariensis o Myrica rivas-martinezii, la haya herreña.
La tercera es el Roque de Aluce en San Sebastián, vinculada a la Reserva Natural de Puntallana, con endemismos locales como Helicrysum alucense o Concolvulus subairiculatus, el correguelo gomero.
En cuarto lugar, Barranco de Arura, Argaga y Valle Gran Rey, con cinco especies en peligro crítico, entre las que destacan Crambe wilpredtii o el helecho Christella dentata.