Una tercera parte de la superficie emergida de la Reserva de La Biosfera está incluida dentro de la Red Canaria de Espacios Naturales Protegidos. Después del Parque Nacional de Garajonay, el espacio protegido más extenso es el Parque Rural de Valle Gran Rey. La rica flora gomera, con multitud de endemismos rupícolas, está bien representada en los espacios protegidos, al igual que la fauna y los valores tradicionales.
Parque Nacional de Garajonay
Municipios: Valleheremoso, Valle Gran Rey, San Sebastián, Hermigua, Alajeró y Agulo
Superficie: 3.948 has
% de la isla: 10,7
Es el principal espacio protegido de la isla, protege la mayor parte del bosque de laurisilva de las cumbres de la Reserva y es clave en el ciclo hidrológico insular, por el efecto de recarga del acuífero y por sus cauces con agua permanente. Su alta biodiversidad le permite contar con un valor de conservación adicional, debido también a la presencia de especies amenazadas, endémicas de la isla y a veces exclusivas del territorio protegido. Para determinadas especies, como las palomas de la laurisilva (Columba bollii y Columba junoniae) o la chocha perdiz (Scolopax rusticola), Garajonay mantiene las mejores poblaciones de la isla y, en el segundo caso, de Canarias. Finalmente, también bajo la óptica paisajística de disponer de escenarios naturales y formaciones geomorfológicas singulares, el parque adquiere un peso significativo. En 1986, la UNESCO incluyó Garajonay en la lista de bienes naturales del patrimonio de la humanidad.
Declarado Parque Nacional (1981) e incluido en la Red Natura 2000 como Zona de Especial Conservación y Zona Especial de Protección de Aves. También es área de sensibilidad ecológica en toda su superficie
Reserva Natural Integral de Benchijigua
Municipios: San Sebastián
Superficie: 490,8 has
% de la isla: 1,3
Este espacio es la cabecera del Barranco de Santiago, donde el hábitat rupícola – de especies que viven en paredes rocosas, encuentra su óptima representación. Aquí reside una alta concentración de especies endémicas y amenazadas, muchas de las cuales están protegidas, como la Tajora (Sideritis marmorea), el taginaste (Echium acanthocarpum) o la siempreviva (Limonium redivivum). Por otro lado, los acantilados y el pitón de Agando son elementos geomorfológicos representativos, singularizados del paisaje y de elevado interés.
Reserva Natural Especial de Puntallana
Municipios: San Sebastián
Superficie: 292,3 has
% de la isla: 0,7
Uno de los lugares más bellos y singulares de la isla, con importantes valores naturales, paisajísticos y etnográficos, pues alberga el santuario de la Virgen de Guadalupe, Patrona de la isla. Tanto el barranco como la plataforma de Puntallana, los acantilados costeros y los roques de Aluce, son elementos singulares de destacado interés científico. La flora del lugar cuenta con varios endemismos, algunos amenazados y protegidos, como el caso de la tabaiba gomera, (Euphorbia bravoana). El barranco de La Sabina alberga la mejor población de la isla, que se reparte entre los hábitats halófilos, rupícolas y psamófilos. Este último es particularmente interesante por su composición florística y faunística, y por albergar una notoria riqueza fosilífera que lo convierte en un enclave único y de excepcional valor.
Parque Natural de Majona
Municipios: San Sebastián, Hermigua
Superficie: 1.757,1
% de la isla: 4,7
Este Parque Natural es uno de los lugares menos conocidos de la isla por su dificultad de acceso, con un paisaje con grandes barrancos y acantilados, que antiguamente fue una dehesa ganadera.
La cabecera de los barrancos alberga excelentes muestra de laurisilva que son continuación de las del PN de Garajonay, además de albergar un interés científico adicional al contar con diversos endemismos y especies amenazadas como el cardoncillo (Ceropegia dichotoma krainzii) y los bejeques (Aeonium gomerense) y con una variada muestra de hábitats.
Parque Rural de Valle Gran Rey
Municipios: Valle Gran Rey, Vallehermoso
Superficie: 1.992,8
% de la isla: 5,4
Este parque representa un extraordinario paisaje armónico de tipo rural y gran belleza, donde la erosión ha modelado una peculiar orografía de fuertes pendientes y fértiles valles. Constituye una muestra viva de coexistencia de hombre y naturaleza en un territorio intensamente abancalado, entre palmeras y construcciones de arquitectura tradicional, de gran valor histórico y cultural. En los acantilados más inaccesibles existe una rica biodiversidad endémica, con abundantes plantas raras y amenazadas. Otro tanto ocurre con la ornitofauna, que se concentra sobre todo en los acantilados de Argaga y en el charco de Cieno, con especies protegidas de alto interés científico. Los macizos de La Mérica y los acantilados que franquean Valle Gran Rey constituyen elementos geomorfológicos singulares y representativos.
Monumento Natural Los Órganos
Municipios: Vallehermoso
Superficie: 154,2
% de la isla: 0,4
Este afloramiento rocoso es producto de una disyunción columnar, que forma un roque compuesto por innumerables columnas basáltica, de donde viene su nombre al comparársele con los tubos de un órgano. Es un referente paisajístico de la isla, localizada en la costa norte. En esta formación basáltica aflora parte del primitivo complejo basal sobre el que se construyó la isla.
Monumento Natural Roque Cano
Municipios: Vallehermoso
Superficie: 58,2
% de la isla: 0,2
Este gran pitón fonolítico de origen volcánico es el principal hito paisajístico del barranco de Vallehermoso. La imponente presencia del roque es el producto de la erosión, que ha eliminado rocas más endebles que lo recubrían quedando la lava endurecida que ascendió por la chimenea del antiguo volcán. Las paredes verticales del roque albergan una flora peculiar especializada en este tipo de ambientes, denominada rupícola. Destaca la presencia de especies raras y que están en peligro como el senecio gomero (Senecio hermosae)
Monumento Natural Roque Blanco
Municipios: Vallehermoso, Agulo
Superficie: 26,1
% de la isla: 0,06
Pitón prominente y diferenciado del paisaje, con destacado interés científico por sus poblaciones de madroños y plantas rupícolas. Su ubicación en la zona de cumbres le confiere además un papel importante en la captación de la humedad de condensación y recarga del acuífero subterráneo.
Monumento Natural La Fortaleza
Municipios: Vallehermoso
Superficie: 53,2
% de la isla: 0,1
La Fortaleza es un domo de valor científico y singularidad, con gran interés geológico por su origen y morfología, constituye además un hito paisajístico referente del territorio donde se encuentra y cuenta además con valor arqueológico, pues tradicionalmente se le ha considerado montaña sagrada de los pobladores prehispánicos. Sus paredes albergan una buena representación de hábitats rupícolas, provistos de una alta biodiversidad endémica, con muchos elementos amenazados y protegidos como la siempreviva (Limonium redivivum) o el cabezón (Cheirolophus satarataënsis).
Monumento Natural Barranco del Cabrito
Municipios: San Sebastián
Superficie: 1.180
% de la isla: 3,1
Este espacio alberga dos grandes barrancos en su interior, el del Cabrito, denominado Juan de Vera en su tramo superior, y el de La Guancha. Los roques de El Sombrero y Magro son lugares de interés geomorfológico, al igual que los barrancos que son los típicos de la zona sur de la isla, con laderas pendientes y cauces de fondo plano. La vegetación la protagonizan los matorrales, dominando los balos (Plocama pendula) y aulagas (Ulex europaeus) en los fondos de barrancos, mientras que en las laderas dominan los tabaibales y cardonales, así como una importante presencia de palmeras en algunos lugares, que tienen su mejor expresión en la cabecera del barranco de Juan de Vera.
Monumento Natural de la Caldera
Municipios: Alajeró
Superficie: 39,0
% de la isla: 0,1
El aspecto más relevante de esta área situada en el oeste insulares su singularidad, tanto geomorfológica como paisajística. Su importancia como exponente del volcanismo más reciente de la isla le confiere asimismo notable interés científico, al ser La Gomera una isla bastante antigua y fuertemente desmantelada por procesos erosivos.
Monumento Natural Lomo del Carretón
Municipios: Valle Gran Rey, Vallehermoso
Superficie: 243,5
% de la isla: 0,7
Enclavado al noroeste del Parque Nacional de Garajonay, es una franja de terreno acantilada de gran valor paisajístico que constituye el referente escénico de las poblaciones de Taguluche y Alojera, posee gran monumentalidad e interés geológico y geomorfológico, ya que permite comprender los basaltos horizontales sobre los que se asienta la meseta central de la Reserva. Su riqueza florística y el conformar una excelente muestra de hábitats rupícolas le confiere además valor científico añadido.
Monumento Natural Los Roques
Municipios: San Sebastián
Superficie: 106,7
% de la isla: 0,3
Constituye un enclave de gran interés científico por albergar elementos naturales de singularidad, valor paisajístico y enorme significación para la isla. Además contiene numerosos endemismos con especies catalogadas y protegidas, como el tajinaste azul ( Echium acanthocarpum) o el Senecio gomero (Senecio hermosae), que tienen aquí una de las pocas localidades donde se conocen.
Paisaje Protegido Orone
Municipios: Vallehermoso, Agulo
Superficie: 1.788,1
% de la isla: 4,8
Este espacio en el suroeste insular es un paisaje de gran belleza y valor natural formado por dos barrancos conectados por una cabecera común. C onforma un paisaje armónico donde confluyen asentamientos de tipismo tradicional insertos en un paisaje rural con sectores de laderas profusamente abancaladas. No faltan tampoco elementos singulares como los roques de La Fortaleza, Imada y Teremoche.
Sitio de Interés Científico Acantilados de Alajeró
Municipios: Alajeró
Superficie: 296,7
% de la isla: 0,8
Los acantilados de Alajeró constituyen una unidad geomorfológica representativa y bien conservada, así como un elemento singularizado del paisaje, donde confluyen valores biológicos de primer orden. Su ornitofauna es destacada, con especies endémicas amenazadas y protegidas. Para el águila pescadora, este lugar es una de las pocas zonas de nidificación en La Gomera.
Sitio de Interés Científico Charco del Conde
Municipios: Valle Gran Rey
Superficie: 10,7
% de la isla: 0,02
Este espacio situado en la zona central de la costa del barranco de Valle Gran Rey es una excelente muestra de la flora de costa, con un interesante tarajal. Junto a la vegetación, lo más interesante de este espacio es la presencia de aves limícolas.
Sitio de Interés Científico Charco del Cieno
Municipios: Valle Gran Rey
Superficie: 5,2
% de la isla: 0,01
Este pequeño espacio alberga uno de los pocos saladares naturales que quedan en Canarias, y que son muy escasos en las islas occidentales. El Charco del Cieno es un espacio enormemente valioso para las aves migratorias, ya que se trata de un ecosistema escasamente representado en el Archipiélago. Las aves limícolas son frecuentes en el Charco, además de ser hábitat idóneo paras aves como los capirotes o currucas (Sylvia melanocephala y Sylvia conspicillata).