La diversidad de ecosistemas de La Gomera no se corresponde con el tamaño de la Reserva; la explicación a esta enorme diversidad tiene que ver con la altura, la orientación y la compleja orografía que proporcionan múltiples hábitats en los que se asientan diferentes formaciones vegetales.
A pesar de que la isla no tiene altitud suficiente para llegar a tener los matorrales de cumbre, si que hay una gran variedad de pisos de vegetación y de ecosistemas azonales, es decir aquellos que no dependen de la altitud:
Terreno abrupto que se eleva desde el nivel del mar hasta la meseta central de la isla, comprendiendo desde acantilados costeros y formaciones termófilas en laderas donde hay un interesante sabinar, el más extenso de Canarias, hasta comunidades de monteverde.
Contiene una magnífica representación de sabinar y las mejores poblaciones de la especie prioritaria Cheirolophus ghomerythus, así como de otras especies endémicas raras y/o amenazadas. Igualmente contiene unos palmerales de elevado valor paisajístico
Valle encajado con orientación oeste, flanqueado por importantes escarpes rocosos de naturaleza basáltica. Predominan matorrales de zonas bajas y termófilos, que alternan con áreas de cultivo en los cauces que en sus proximidades cuentan con importantes palmerales de gran calidad paisajística.
Con su designación como ZEC se pretende proteger este tramo marino de la zona noroeste de la Isla. En esta zona está prevista la creación a corto plazo de una Reserva Marina de Interés Pesquero que protegerá el elevadísimo interés biológico de esta zona.
Gran cuenca del suroeste de la isla constituida por los barrancos de Arure y del Agua, donde se encuentran los manantiales más importantes de la isla. Los palmerales del cauce y laderas de media pendiente son de los mejores de la isla. Los riscos están tapizados por una interesante vegetación rupícola y , en algunos puntos por saucedas y comunidades termófilas.
Este acantilado está caracterizada por la presencia de matorral xerófilo propio de las zonas bajas de la isla. Los balos (Plocama pendula), el cerrillo (Hyparrhenia hirta) y la dama (Schyzogyne sericea) son las especies vegetales más abundantes. Veta La Fuente es un andén que está situado en el propio Risco de La Mérica a unos 250 m.sn.m. y colindante con la zona anterior. Este andén abarca, en longitud, casi la totalidad de la pared y presenta un ancho máximo de 3-4 m. Constituye la única localidad de Gallotia bravoana en la distribución de esta subespecie en la Gomera.
Litoral con aguas cálidas y en calma durante la mayor parte del año, al encontrarse a sotavento de los vientos dominantes. Esta zona también se caracteriza por ser una importante área de concentración de diversas especies de cetáceos (destacando Tursiops truncatus), y de descanso y alimentación de la tortuga boba (Caretta caretta).
Profundo barranco de orientación SW excavado en materiales basálticos de sinuoso recorrido, con escarpadas laderas, en las que afloran materiales priroclásticos y lávicos. Hay muestras de vegetación del cinturón costero y tabaibales en los tramos medios del barranco con presencia de endemismos gomeros.
Cuenca situada en la región oriental de La Gomera, con notables palmerales. Alberga una buena muestra de palmeral, así como poblaciones de varias especies vegetales endémicas